Сын причетника из с. Красновский погост Пудожского уезда (в дальнейшем Каргопольского уезда и Каргопольского района). После окончания в 1859 г. Петербургской духовной академии он вернулся в родную семинарию и до 1861 г. преподавал в ней логику, психологию, патристику и латынь. В 1861 г. И. Е. Троицкий был принят бакалавром в Петербургскую духовную академию, с октября 1866 г. стал профессором академии, а в 1875 г. защитил диссертацию на степень доктора богословия. С 1874 г. параллельно с занятиями в духовной академии И. Е. Троицкий начинает чтение лекций по церковной истории в Петербургском университете, а в 1884 г. становится ординарным профессором университета. Кроме того, в 1880–1890 гг. он был редактором журнала «Христианское чтение», и, вероятно, благодаря его содействию в журнале в это время появляются публикации по истории церкви в Олонецком крае К. А. Докучаева-Баскова, удостоенные в 1890 г. Уваровской премии. В 1899 г. И. Е. Троицкий вышел в отставку, но продолжал чтение лекций в духовной академии и университете.